SPOILER!!!!!
De acordo com o IESB, o filme é baseado no penúltimo episódio da primeira temporada da série clássica, onde Kirk e Spock tem que consertar uma burrada de McCoy que pode acabar com o tempo (tempo mesmo, passado, presente e futuro). Então, no filme de Abrams, o romulano Nero, descobre esse portal do tempo e vai para o passado para tentar assassinar o jovem Kirk, Spock (Leonard Nimoy) vai junto para alertar o jovem Spock (Zachary Quinto), que seu melhor amigo, Kirk está em perigo.
O Spoiler é mais completo no IESB, mas já dá pra ter uma idéia.